Evidentemente eso no debería de pasarte.
Si la pintura se está disolviendo en el agua, deberías vaciar todo el agua y limpiar las paredes y suelo hasta eliminar toda la pintura que se disuelve antes de llenar de nuevo.
Me faltan datos para poderte ayudar mejor como;
– ¿Acabas de pintar la piscina?
– ¿Es nueva la piscina?
– ¿Mantienes correctamente el agua de la piscina?