A priori la temperatura baja no es el problema.
El cloro libre empieza a desaparecer por el Ph, si el Ph es superior a 7,4 entonces en vez de ser ácido hipocloroso se convierte en ión hidróxido y por lo tanto deja de desinfectar.
Si estás echando cloro libre y los análisis te dicen que no tienes presencia de éste en el agua puede ser que tengas muchas bacterias y esté convirtiéndose en cloro combinado tanto en la piscina como en el filtro.